Detection and characterization of Salmonella in samples from pig carcasses

Projetos de investigação
Unidades organizacionais
Fascículo
Resumo
Salmonella spp. é uma bactéria pertencente á família Enterobacteriaceae e existem mais de 2600 serovares identificados. Tem se tornado uma das principais causas de doenças transmitidas por alimentos, em humanos e animais, que pode levar ao aparecimento de hospitalizações e mesmo morte. Assim sendo, o controlo e a prevenção deste agente patogénico são de alta prioridade de forma a aumentar a segurança alimentar. A carne de porco é um dos maiores meios de transmissão desta bactéria e, normalmente, a contaminação ocorre durante o abate do animal tendo, portanto, as nossas amostras sido recolhidas de um matadouro. A caracterização das amostras foi executada em quatro passos. Primeiro, uma identificação do género Salmonella spp. seguido da distinção entre os dois serovares mais comuns (S. Typhimurium e S. Enteritidis) recorrendo ao PCR com primers para genes específicos. Depois, de forma a avaliar a variabilidade genética usamos primers ISSR que permitiram a analise das relações filogenéticas das nossas amostras. E por fim, selecionamos seis genes de virulência diferentes para amplificação de modo a aferir o potencial virulento presente nos isolados. Todas as 45 amostras confirmaram a presença de Salmonella, 38 foram identificadas como S. Typhimurium, uma como S. Enteritidis e seis não conseguimos uma identificação do serovar. A amplificação dos marcadores moleculares ISSR permitiu uma análise de polimorfismo e a avaliação da diversidade genética dentro do género Salmonella e das amostras recolhidas. Os resultados foram organizados num dendrograma representativo das suas relações filogenéticas com dois grupos diferentes. Obtivemos um total de 278 bandas, das quais 269 são polimórficas, indicando uma taxa de polimorfismo de 94.51%. Isto demonstra a elevada variabilidade entre as amostras salientando as diferenças no fenótipo e genótipo dentro do mesmo serovar. A análise da presença ou ausência dos genes de virulência selecionados, revelou a amplificação de todos pelo menos uma vez tendo sido o gene stn o mais amplificado com uma incidência de 90% enquanto que o gene spvB apenas amplificou em 29% das amostras. Foram identificados seis perfis de virulência diferentes baseados em seis loci, e no geral a maioria das amostras amplificou cinco genes. Este estudo forneceu informações acerca da disseminação de Salmonella na produção de carne de porco e também evidenciou a variabilidade genética e a potencial de virulência existente nos serovares aqui analisados.
Salmonella spp. is a bacteria that belongs to Enterobacteriaceae family and there are more than 2600 serotypes identified. It has become the primary cause of foodborne illness, in humans and animals, and that can lead to serious illness and even death. Therefore, the control and prevention of these pathogens are of high priority to improve the safety of the food supply. Pork meat is one of the main transmission vehicles of this bacteria and, commonly, the contamination develops during slaughter thus the samples of this study were collected from a slaughterhouse. The characterization of the samples was made in four steps. Firstly, an identification of Salmonella spp. was made followed by serovar identification between the two most common (S. Typhimurium and S. Enteritidis) using PCR with specific primers targeting specific genes. Then, the genetic diversity was assessed with ISSR primers enabling the phylogenetic relationship of the samples. Lastly, six different virulence genes were chosen for amplification to evaluate the potential virulence of each sample. All 45 samples were confirmed to be Salmonella bacteria which 38 of them were identified as S. Typhimurium, one as S. Enteritidis and six with an inconclusive result. Amplification of ISSR molecular markers allowed a polymorphism analysis and evaluation of genetic diversity inside Salmonella genus and among the collected samples. The results were organized in a representative dendrogram of their phylogenetic relationships with two different groups. We obtained 278 bands, of which 269 were polymorphic, indicating a polymorphism rate of 94.51%. This shows a high variability between the samples evidencing differences in phenotypes and genotypes within the serotype. The analysis of virulence genes showed that all primers were amplified at least once, being stn gene the most amplified with 90% of incidence while spvB gene only amplified in 29% of samples. Six different virulence genotypes were observed based on six loci, and most samples amplified five genes. This study provided valuable insight about epidemiology of Salmonella in pork production and also highlighted the genetic variability and virulence potential within Salmonella serovars.
Descrição
Master thesis in Biochemistry
Palavras-chave
Salmonella , S. Typhimurium
Citação