Please use this identifier to cite or link to this item: http://hdl.handle.net/10348/9248
Title: Prevalence, antibiotic resistance and genetic characterization of Enterococcus spp. strains isolated from fish species used in sushi preparation
Authors: Gomes, Anicia Cardoso
Advisor: Poeta, Patricia Alexandra Curado Quintas ...
Manrique, Carmen Torres
Keywords: Enterococcus spp
peixe
VRE
multirresistência
saúde pública
Issue Date: 11-Feb-2019
Abstract: O aumento da resistência antimicrobiana resulta do uso abusivo de antibióticos na saúde humana e animal e na produção animal ao longo dos anos, exercendo uma pressão seletiva sobre os microrganismos, favorecendo o surgimento de bactérias resistentes e a sua disseminação no meio ambiente. Enterococcus spp. são bactérias comensais da microbiota intestinal, extremamente versáteis e podem sobreviver numa ampla diversidade de condições, tornando-se cada vez mais relatadas como um patógeno oportunista e capaz de causar infeções graves. A resistência a determinados antibióticos é cada vez mais emergente, sendo este um problema preocupante. O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência de Enterococcus spp. e a diversidade de espécies em amostras de peixes para consumo humano, avaliar o fenótipo/genótipo de resistência a antibióticos dos isolados recuperados, bem como a sua capacidade de produção de bacteriocinas. Além disso, determinou-se a taxa de enterococos resistentes à vancomicina nas amostras (inoculadas em Slanetz-Bartley suplementadas com vancomicina), os mecanismos de resistência à vancomicina, o tipo de Tn1546, a presença de genes de virulência e as linhagens genéticas de VRE. Recolheu-se Enterococcus em 63 das 150 amostras de peixes testadas (42%), detetadas quando inoculadas em Slanetz-Bartley (sem vancomicina), e foi caracterizado um isolado/amostra. Foram detetadas as seguintes espécies: E. faecium-E. faecalis (84,7%) e E. hirae-E. gallinarum-E. mundtii (15,3%). Foi detetado um fenótipo de multirresistência em 15,2% dos enterococos. Detetaram-se as seguintes frequências de resistência: tetraciclina (40,7%, principalmente pelo gene tetM, mas também tetL/tetK), eritromicina (33,9%, principalmente pelo gene ermB, mas também ermT/msrA), canamicina (35,6%, aph(3)-III), ampicilina (25,4%), estreptomicina-ciprofloxacina (10,2-18,6%), gentamicina-cloranfenicolquinupristina/dalfopristina (1,7-5%) e linezolide-vancomicina-teicoplanina (0%). O gene aac(6’)-Ie-aph(2”)-Ia foi detetado numa estirpe E. faecium resistente a gentamicina de alta carga, da nova linhagem ST1396. Sessenta por cento dos enterococos das amostras de peixes foram capazes de produzir substâncias antimicrobianas com atividade contra diferentes bactérias indicadoras. Os genes que codificam as bacteriocinas entA, entB, ent1071A/B e/ou entL50A/B foram detetados em metade das estirpes testadas. Além disso, foram detetados VRE em 4 das 150 amostras de peixes (2,7%), correspondendo a 3 E. faecium e 1 E. faecalis, todos com genótipo vanA. Aos 3 E. faecium foi atribuído o ST139 (CC5) e ao E. faecalis o ST16 (CC16). Os isolados VRE eram multirresistentes e continham os genes tetM, tetL, tetK, ermB, aac(6’)-Ie-aph(2”)-Ia e/ou catpC223. Os genes hyl e gel não foram detetados entre os isolados VRE, mas o gene esp foi identificado no E. faecalis. As estirpes VRE mostraram a estrutura Tn1546 padrão e o gene vanA não pôde ser transferido por conjugação para as estirpes E. faecalis e E. faecium recetoras. Estes resultados indicam que as espécies de peixe para consumo humano estão contaminadas com enterococos com resistências antimicrobianas relevantes, como é o caso de VRE com o genótipo vanA, entre outros, com potencial implicação na saúde pública. Os dados obtidos neste estudo são importantes para estabelecer políticas para o uso prudente de antibióticos, bem como para alertar a população sobre os riscos do uso inadequado de antimicrobianos e o consumo de produtos crus ou mal cozidos.
The increase of antimicrobial resistance results from the abusive use of antibiotics in human and animal health and in animal production over the years, exerting selective pressure on the microorganisms, favouring the emergence of resistant bacteria and their dissemination in the environment. Enterococcus spp. are commensal bacteria of the intestinal microbiota, extremely versatile and can survive in a wide diversity of conditions, becoming increasingly reported as an opportunistic pathogen and capable of causing serious infections. Resistance to certain antibiotics is increasingly emerging, being this a worrying problem. The aim of this study was to evaluate the prevalence of Enterococcus spp. and the diversity of species in fish samples for human consumption, to evaluate the phenotype/genotype of antibiotic resistance of the recovered isolates, as well as their capacity to produce bacteriocins. In addition, it was determined the rate of vancomycin-resistant enterococci among the samples (inoculated in Slanetz-Barley supplemented with vancomycin), the mechanisms of vancomycin resistance, the type of Tn1546, the presence of virulence genes and the genetic lineages of VRE. Enterococcus was recovered in 63 of 150 fish samples tested (42%), detected when inoculated in Slanetz-Bartley (without vancomycin), and one isolate/sample was characterized. The following species were detected: E. faecium-E. faecalis (84.7%), and E. hirae-E. gallinarum-E. mundtii (15.3%). A multidrug resistance phenotype (MDR) was found in 15.2% of enterococci. The following frequencies of resistance were detected: tetracycline (40.7%, mostly by tetM, but also tetL/tetK genes), erythromycin (33.9%, mostly by ermB, but also ermT/msrA genes), kanamycin (35.6%, aph(3´)-III), ampicillin (25.4%), streptomycinciprofloxacin (10.2-18.6%), gentamicin-chloramphenicol-quinupristin/dalfopristin (1.7-5%), and linezolid-vancomycin-teicoplanin (0%). The aac(6’)-Ie-aph(2”)-Ia gene was detected in one high-level-gentamicin-resistant E. faecium strain, of the new lineage ST1396. Sixty-percent of enterococci of fish samples were able to produce antimicrobial substances with activity against different indicator bacteria. The entA, entB, ent1071A/B and/or entL50A/B bacteriocin encoding genes were detected in half of bacteriogenic tested strains. Moreover, VRE carriage was detected in 4 of 150 fish samples (2.7%), corresponding to 3 E. faecium and one E. faecalis, all with vanA genotype. The 3 E. faecium were ascribed to ST139 (CC5), and the E. faecalis to ST16 (CC16). VRE isolates were MDR and carried the genes tetM, tetL, tetK, ermB, aac(6’)-Ie-aph(2”)-Ia and/or catpC223. The hyl and gel genes were not detected among VRE isolates, but the esp gene was identified in the E. faecalis. VRE
Description: Dissertação de Mestrado em Biotecnologia para as Ciências da Saúde apresentada à Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro
URI: http://hdl.handle.net/10348/9248
Document Type: Master Thesis
Appears in Collections:DGB - Dissertações de Mestrado
TD - Dissertações de Mestrado

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
MSc_Anicia Gomes- Versão Final.pdf1,73 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open


FacebookTwitterDeliciousLinkedInDiggGoogle BookmarksMySpace
Formato BibTex mendeley Endnote Logotipo do DeGóis Logotipo do Orcid 

Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.